医学薬学府の修士課程は、次の専攻・分野（コース）から構成されています。

1. 医科学専攻
   近未来に到来する超高齢化社会に対応した高齢医学、地球規模での環境汚染に対処する環境健康科学、先端のゲノム医科学・再生医療分野や先端生命科学など新たな学問体系を網羅する多様な知識を備え、科学の社会的役割ないし責任を正しく理解できる豊かな人間性を持ち、かつ21世紀の国民のニーズに応え得る医学・医療系の人材の育成を目指しています。
2. 総合薬品科学専攻
   疾病の治療、診断のために有効な医薬品の開発を目指し、創薬のための有機化学、薬理学、生化学、製剤学等の幅広い知識を有する人材、環境ホルモン等の新しい病因の出現による疾病構造の変化に対応するための環境健康科学分野で活躍できる人材の育成を目指しています。